کلیسای استپانوس مقدس (به ارمنی Սուրբ Ստեփանոս վանք – به انگلیسی Saint Stepanos Monastery)، دومین کلیسای مهم ارمنی های ایرانی است که از نظر اهمیت بعد از کلیسای تادئوس مقدس قرار میگیرد. این بنا در استان آذربایجان شرقی در ۱۷ کیلومتری غرب شهر جلفا و در فاصله ۳ کیلومتری کرانه جنوبی رودخانه ارس در محلی به نام «قزل وانک» (صومعه طلایی) واقع شدهاست. این کلیسا در سده نهم میلادی ساخته شدهاست ولی به علت زلزله دچار آسیبهای جدی شده بود که در دوران صفویه مورد مرمت و بازسازی قرار گرفت. این اثر در تاریخ ۱۵ اسفند ۱۳۴۱ با شمارهٔ ثبت ۴۲۹ بهعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیدهاست.
کلیه محوطه کلیسا در قلب کوهها و در میان طبیعت سبز منطقه مرزی جلفا و جمهوری آذربایجان قرار گرفتهاست.
کلیسای استپانوس مقدس مورد احترام تمام مسیحیان و کم و بیش تمامی ادیان است اما در واقع به کلیسای حواری ارمنی تعلق دارد. در یک روز از سال هزاران نفر از ارمنیان در این نقطه گردهم میآیند تا ضمن زیارت، مراسم و مناسک خاص خود را بهجای آورند
نام بنا

سنت استپانوس برگرفته شده از نام استپانوس (یا همان استفان در زبان ارمنی) شهید اول راه مسیحیت است و در اغلب کشورهای جهان کلیساهای متعددی با همین نام وجود دارد. همچنین به دلیل متروکه بودن محل، به خارابا کلیسا نیز شهرت دارد.
سنت استپانوس یا سنت استفان اولین شهید راه مسیحیت است که در ۲۶ دسامبر سال ۳۶ میلادی در اورشلیم توسط یهودیان سنگسار شد.
تاریخچه و سبک معماری
دربارهٔ تاریخ بنای کلیسا، اظهارات گوناگونی ابراز شدهاست. عدهای آن را از بناهای اوائل مسیحیت، میدانند برخی چون تاورنیه بنای آن را به دوره صفویه نسبت میدهند. در حالی که شیوه معماری بنا، مصالح ساختمانی و تزئینات مفصل و زیبای آن مؤید این مطلب است که کلیسا همانند و همزمان با کلیساهایی چون قره کلیسا در بین قرن چهارم تا ششم هجری (دهم تا دوازدهم میلادی) ساخته شدهاست و سبک معماری آن تلفیقی از شیوههای مختلف معماری اورارتو، اشکانی و رومی است که بعد از به وجود آمدن بناهای شگرف سنت کلیسای جامع اچمیادزین، قره کلیسا و کلیسای صلیب مقدس و سنت استپانوس به شیوه معماری ارمنی شهرت یافت.
ثبت در میراث جهانی یونسکو
این بنای تاریخی به شماره ۴۲۹ در فهرست آثار ملی ایران ثبت گردیده و به خاطر قدمت و سابقه تاریخی و مذهبی و شیوه معماری منحصر به فرد آن در سال ۱۳۸۶ همراه با کلیساهای دیگر در استان آذربایجان در میراث جهانی یونسکو به ثبت رسید.